Η Ακαδημία της ΑΕ Ατσιποπούλου Πρινέ είναι διαχρονικά από τις πλέον οργανωμένες και παραγωγικές… στο Ρεθυμνιώτικο ποδόσφαιρο. Από την ίδρυση της το 1988, η ΕΑ.Π. έδινε χώρο… και χρόνο στη νεολαία της περιοχής όχι απλά να αθλείται αλλά να ξεδιπλώνει το ταλέντο της. Από την Ακαδημία της Ε.Α.Π. αναδείχθηκαν στο παρελθόν ποδοσφαιριστές όπως οι Μιχάλης Φραντζεσκάκης, Βαγγέλης Κασσέλας, Ανδρέας Μικρόπουλος, οι οποίοι αγωνίστηκαν επί σειρά ετών σε Δ’, Γ’ αλλά και Β’ Εθνική, αλλά και πολλών άλλων.
Το καλοκαίρι του 2009 που αποφασίστηκε η προσωρινή παύση του σωματείου λειτουργούσε μόνο η Ακαδημία της Ε.Α.Π. υπό την καθοδήγηση του προπονητή Μάκη Μπανίλα. Από το 2011 αρχίσει πάλι να οργανώνεται η Ακαδημία με την επαναδραστηριοποίηση της ομάδας και σε επίπεδο Ανδρών (Β’ ΕΠΣΡ), με μπροστάρηδες τους Νίκο Βερνάδο και Δημήτρη Κασσέλα. Το 2013 αναλαμβάνει πρόεδρος ο Νίκος Βερνάδος, ρίχνοντας το βάρος ακόμη περισσότερο σε επίπεδο Ακαδημιών και το καλοκαίρι του 2014 έρχεται μια σπουδαία συμφωνία που θα αλλάξει τα δεδομένα, ανεβάζοντας επίπεδο όλο το οικοδόμημα της Ε.Α.Π. Ήταν στις 13.00 το μεσημέρι της 14ης Αυγούστου 2014, όταν ο πρόεδρος της Ε.Α.Π. Νίκος Βερνάδος δέχθηκε τηλεφώνημα από την ΠΑΕ ΑΕΚ, ακούγοντας με συγκίνηση τα λόγια «Κύριε Βερνάδο εγκρίνεται η αίτηση σας, πληροίτε όλες τις απαιτούμενες προδιαγραφές και από αυτή τη στιγμή μπορείτε να χρησιμοποιείται το σήμα και το όνομα της ΑΕΚ. Καλωσορίσατε στην οικογένεια της ΠΑΕ ΑΕΚ και στο Δίκτυο Σχολών Ποδοσφαίρου της ΠΑΕ ΑΕΚ».
Από το 2014 η Ακαδημία ποδοσφαίρου της Ε.Α.Π. έχει οργανωθεί με την αμέριστη στήριξη και συνεργασία της ΠΑΕ ΑΕΚ, δημιουργώντας δικαίως μία από τις καλύτερες Σχολές ποδοσφαίρου σε όλο το νομό Ρεθύμνου. Από το Σεπτέμβρη μέχρι και τον Ιούνιο κάθε ποδοσφαιρικής σεζόν στο γήπεδο Ατσιποπούλου αθλούνται και μαθαίνουν τα μυστικά του ποδοσφαίρου περισσότερα από 130 παιδιά της ευρύτερης περιοχής και όχι μόνο. Το πρότζεκτ του Δικτύου Σχολών Ποδοσφαίρου ΠΑΕ ΑΕΚ, σε συνδυασμό με την άρτια εφαρμογή του από τους προπονητές μας αποτελεί το δυνατό χαρτί για την εύρυθμη και υποδειγματική λειτουργία της Ακαδημίας μας.
Το 2024 έπεσε η αυλαία της συνεργασίας μας με την ΠΑΕ ΑΕΚ και άνοιξε μια νέα σελίδα. Στις 10 Ιουλίου 2024 επικυρώθηκε και επίσημα η έναρξη συνεργασίας με την κορυφαία Ακαδημία του Νομού Ρεθύμνου, αυτή του ΑΟΝ Αστέρα και πορευόμαστε μαζί υπό την σκέπη της κορυφαίας ομάδας της Κρήτης, την Ακαδημία της ΠΑΕ ΟΦΗ.
